1、不宜浸种催芽 因为种衣剂溶于水后，不但会使种衣剂失效，而且溶于水的种衣剂还会对种子的萌芽产生抑抑制作用。
2、不宜同使用的剂物 种衣剂不能与敌稗类除草剂同时使用，如先使用种衣剂，需30天后长能使用敌稗；如先使用敌稗，需3天后才能播种包衣种子，否则易发生药害或降低种衣剂效果。不能与碱性农药、肥料同时使用，不能在碱性很重的土壤上使用，否则种衣剂容易分解失效。
3、不宜用于低洼易涝地 因为包衣种子在高水低氧的土壤环境条件下使用，极易出现酸败腐烂现象。