危害小麦种子贮藏的害虫种类很多，主要有麦蛾、玉米象、大谷盗以及谷蠢等。贮藏小麦种子一定要加强种子虫害监控。一般气温在25℃左右，每20d进行一次检查，扦样方法与水分测定扦样方法相同，样品量为1kg，用铝制套筛筛选，仔细观察，计算每千克含虫头数，根据情况及时采取防治措施。
贮藏害虫的防治一般采取仓库密闭熏蒸法。小麦种子入库后至8月是高温高湿时期，此时要结合熏蒸杀虫灭菌，采取密闭贮藏，仓虫一般采用磷化铝熏蒸防除。散装种子，第一，根据每立方米5g的用药量（包括空间与种子）计算所熏蒸仓库的总用药量；第二，要对仓库的窗、门缝隙用塑料薄膜、报纸、浆糊等工具进行过细的密封工作；第三，带好防毒面具进行均匀播点投药，熏蒸时间一般10d左右。对于袋装种子，可用磷化铝片剂，计算用量，将片剂均匀塞入种子袋中密闭熏蒸杀虫，此法适用于农场、贮粮大户使用。熏药密闭一周后，开仓换气。9月份后，气温逐渐下降，可作为通风换气季节。