采集银杏种子选择40到100年生主干通直、生长健壮的采种母树，于9月中下旬当果实外种皮由青转黄并伴有自然落果时采集。所采果实先于室内用生石灰堆沤一周后薄摊于地面，脚穿胶鞋轻搓果实使外种皮与种核分离，再将种核置清水中冲洗后摊于室内地面。3至4天后装入麻袋中阴干，至11月中旬于室内混沙层积贮藏使种子成熟。