大豆种子贮藏期间，如管理不当，会发生发热、生霉、结露、酸败、红变等情况。为确保大豆种子安全贮藏，应做好以下几项工作：
     一、清仓消毒 大豆种子入库前应将仓库内的异品种种子、杂物等全部清除，并剔除虫窝，修补墙面、门窗。清理后用烟剂熏仓消毒，消毒后须通风24小时。
     二、充分干燥种子 将收获的大豆种子带荚铺晒2～3天，待荚壳干透有部分爆裂时再进行脱粒，这样可防止大豆种子种皮发生裂纹和皱缩现象。一般要求入库贮藏的大豆种子水分含量在12%以下。如超过13%，就可能发生霉变。
     三、低温密闭 大豆在高温条件下易引起红变，所以应采取低温密闭的贮藏方法。一般可趁寒冬季节将大豆种子转仓或出仓冷冻，使种子温度充分下降后，再密闭贮藏，并在大豆种子表层覆盖一层旧麻袋，以防大豆种子吸湿。
     四、倒仓散湿 大豆种子入库后还发生后熟作用，使种堆内湿度和温度增高，如不及时散发就会引起霉变。为了达到长期安全贮藏的要求，在大豆种子入库3～4周后，应及时进行倒仓过风散湿，并结合过筛除杂。
     五、定期检查 入库初期要把温度检查列为重点，使库房温度保持在20℃以下，如温度过高时应立即通风降温。种子入库后每20天检查1次含水量，如种子含水量超出安全水分含量，就应及时翻晒。。