近年来，我国食用菌产业蓬勃发展，食用菌行业的技术水平也有所提高。随着产业发展和技术进步以及我国食用菌产品在出口方面遭遇的知识产权纠纷，我们不得不开始考虑如何运用知识产权保护我国的食用菌产业健康发展。在我国，以专利、植物新品种保护等在内的知识产权制度是保护食用菌科技成果的有效法律形式。然而，由于多方面原因，我国食用菌的知识产权保护问题长期未得到应有的重视，食用菌知识产权保护工作一直处于缺位状态。长期以来，很多食用菌新品种和新工艺不经知识产权保护就进入了生产领域。
　　由于食用菌菌种及其生产工艺的可复制性，科技成果一经投入就遍地开花，科研机构无法实现科技成果的合理收益，导致我国食用菌科研机构严重萎缩，食用菌科研开发工作停滞不前。由于国内食用菌企业自身科技开发能力不足，又缺乏科研机构的技术支持，从而国内食用菌产业自主知识产权技术和品牌严重缺乏，我国食用菌产业的发展也在低水平徘徊，食用菌产业的可持续健康发展难以为继。因此，食用菌行业知识产权保护力度不够，已成为制约我国食用菌产业发展的关键问题。
　　
　　国外食用菌知识产权保护
　　
　　日本主要通过植物新品种对食用菌实施保护。日本1981年加入1978年版《国际植物品种保护公约》，1998年加入1991版《国际植物品种保护公约》(upov)。日本于1978年修改原农产品种苗法，把食用菌等列为保护对象，并实行了保护期为20年的品种注册保护制度。截至2002年底，日本公布实施保护的食用菌有22个品种。2004年日本开始实施《种苗法修正案》，该法案规定，未经缴纳专利费，擅自利用日本植物种源生产或改良农产品的，个人侵权者会被处以300万日元以下的罚金或3年以下有期徒刑；企业侵权的，可最高处以1亿日元的罚金。据悉，截至2004年底，日本已经公布实施保护的食用菌有32种，通过注册保护的品种有145个，其中包括香菇、平菇、风尾菇、姬菇、鲍鱼菇、盖囊菇、鲍菇、双孢蘑菇等。
　　美国食用菌知识产权保护制度采用专利、植物专利和植物新品种制度保护。食用菌菌种在美国可以获得专利保护，美国对可无性繁殖的品种(含食用菌)也实行植物专利保护制度。植物新品种保护制度也是美国对食用菌进行保护的主要制度。
　　
　　我国食用菌知识产权保护制度和现状
　　
　　我国食用菌知识产权保护制度主要有专利制度和植物新品种保护制度两种。专利制度主要对食用菌菌种，菌种选育技术和食用菌生产技术进行保护。植物新品种保护制度则对选育的食用菌新品种给予专门保护。
　　我国专利法先后经过两次修改和完善，其中食用菌领域的专利保护制度也经历了不断修改完善的历程。经过两次修改，我国食用菌领域的专利保护制度已经逐步赶上了多数国家的保护水平。我国食用菌领域专利保护制度的修改变化如下。
　　1985年4月1日～1993年1月1日，专利法第二十五条规定，对“药品和用化学方法获得的物质不授予专利权”。按照专利的分类规则，生物技术归于化学领域，因此，按照上述规定，采用生物学方法得到的食用菌菌种不能得到专利保护，仅对一定条件下获得食用菌的生物学方法、遗传工程学方法发明和微生物学方法的发明创造授予专利。
　　1993年1月1日，全国人大常委会修改后的《中华人民共和国专利法》开始实行。修改后的专利法第二十五条删除了对“药品和用化学方法获得的物质”不授予专利权的规定，从而使食用菌菌种成为专利保护的对象。
　　1994年1月1日，我国加入国际承认用于专利程序的微生物保存布达佩斯条约，并于1995年7月1日成为其成员国。在加入该条约的同时，中国微生物菌种保存管理委员会普通微生物中心(CGMCC)和中国典型培养物保藏中心(CCTCC)正式成为专利程序认可的国际保藏单位，极大地方便了国内外食用菌领域的发明人在我国申请和获得菌种方面的专利保护。
　　2001年专利法第二次修改，修改前的微生物包括传统生物学意义上的微生物。为了便于专利法的实际操作和与国际接轨，修改后的专利法引入了生物材料的新概念。生物材料概念的引进将食用菌基因等遗传材料也纳入了专利保护的范畴，扩大了食用菌保护范围。
　　食用菌菌种属于微生物中的真菌，食用菌菌种主要分布在真菌分类中的真菌门子囊菌亚门和担子菌亚门，其中95％的食用菌菌种属于担子菌亚门。由于微生物既不属于动物，也不属于植物的范畴，因而微生物不属于专利法第二十五条第一款第四项所列的情况。但依据专利法及其审查指南，微生物可以获得专利权，因此，食用菌菌种作为微生物中的一种，依照我国专利法及审查指南的规定完全可以申请并获得发明专利保护。在实际操作上，已有申请人东莞市英芝堂生物工程有限公司获得授权保护食用菌菌种，其专利号为ZL02134967.3，名称为一种高产多糖的紫芝及其发酵生产工艺，公开号CN1436842。该发明要求保护的是一株经诱变选育的紫芝菌种。上述法律规定和事实表明，在我国，食用菌菌种完全可以获得专利保护。
　　根据审查指南的规定，未经人类任何技术处理而存在于自然界的微生物属于科学发现，这类微生物不能被授予专利权。只有当微生物经过分离成为纯培养物，并且具有特定的工业用途时微生物本身才属于可给予专利保护的客体。因此，只有经过选育得到的具有一定工业用途的食用菌菌种才可以获得专利保护，通过人工选育的优良食用菌栽培菌种都可以通过专利对生产菌种进行保护。对新选育的食用菌菌种，在申请发明专利时，必须到国家知识产权局指定的专利程序微生物保藏机构进行保藏，以达到专利法要求的实用性要求。
　　由于我国专利保护不足，以及人们专利意识的缺乏，长期以来食用菌开发人员对食用菌专利保护制度缺乏基本的认识，绝大多数科研人员不知道专利可以保护食用菌菌种，因此造成我国在食用菌菌种专利保护方面几乎一片空白。我国的植物新品种保护制度在食用菌也仅列人白灵侧耳一个品种。目前，我国自主研发的食用菌品种也面临着越来越大的流失。虽然我国成功栽培的食用菌已达30多种，但其中许多自主研发的品种仅仅是通过专家审定会予以确认，缺乏足够广泛的告知性和法律效力。菌种易复制性的特点，很容易导致菌种的快速传播而不受任何法律约束。新菌种开发人员的合法收益无法得到保护，从而导致科研工作无法继续，也导致国内食用菌的知识产权保护工作处于十分被动的局面。
　　我国食用菌产业在国内缺乏知识产权保护，在国外的知识产权保护更是一片空白。由于国外知识产权保护的缺位，近年来我国食用菌出口频繁遭遇日本的食用菌专利保护壁垒。据悉，自2006年以来，日本根据有关法

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