藻类植物的1门。又名眼虫藻门。无细胞壁，植物体除个别种类为树状群体外，都是具鞭毛游动型的单细胞体。多数种类含有与绿藻门相似的色素体，有或无蛋白核，仅有少数种类不具色素体而成为无色种类，但贮藏物质均为类似于淀粉的副淀粉和脂肪。全世界约40属，1000多种。中国现记录有20属，约300种。分布较广。多数产于淡水，少数产于咸水和半咸水，极少数生长在潮湿土壤上或冰雪中，也有寄生或附生的种类。

　　原生质体表层不同程度地硬化成为表质，表质表面具螺旋或直走线纹；细胞前端有一烧瓶形的贮蓄泡，开口于细胞先端，并自其底部长出1或2条，或罕为3至更多的鞭毛，自先端开口伸出体外；在贮蓄泡的一侧，具1至数个司排泄作用的伸缩泡，原生质中的废液汇集在其中而渗入贮蓄泡以排出体外；在贮蓄泡的壁上常具一个有感光功能的眼点。营养方式有植物性、纯动物性或腐生性。不同程度富营养水体中常生长特有的种类，可利用其作为鉴别有机污染程度的指示生物或净水水质。

　　按照1950年G．M．史密斯的分类系统，裸藻门仅裸藻纲（Euglenophyceae）1纲2目即裸藻目（Euglenales）和柄裸藻目（Colaciales），前者包括能自由运动的种类，分为3科：①裸藻科（Euglenaceae），②变胞藻科（Astasia-ceae），③袋鞭藻科（Peranemaceae）；后者包括附生的种类，仅柄裸藻科（Colaciaceae）1科。常见的种类多属于裸藻科的裸藻属（Euglena）、扁裸藻属（Phacus）和囊裸藻属（Trachelomonas）。