菌类植物（fungi）同样不是一个具有自然亲缘关系的类群。自然界的菌类植物约有12万种（含细菌），分布极广。植物体为单细胞或丝状体，一般不含光合作用的色素，不能自制养料。它们的营养方式是异养的，均具有细胞壁或某一阶段具有细胞壁，这是他们的共同特征。按传统，常分为细菌、粘菌和真菌三个门，目前，常将真菌和粘菌统称为菌物(Mycophyta)。　　植物体的营养细胞内无叶绿素及其它光合色素，一般营寄生或腐生生活，寄生就是从活的有机体中获得营养物质；腐生就是从有机体的残骸上获得营养物质。也有兼营寄生和腐生的种类。菌类植物共分三门：细菌门、粘菌门和真菌门。

　　（1）细菌门: 分布很广，是一群低等的、微小的单细胞植物，单独生存，有时成群体（菌落），存在，没有明显的细胞核。不含叶绿素，少数种类合有其它色素，大多营寄生或腐生生活。细菌的外部形态有三类：①球菌（Ccccus），常呈球形,直径1-2μm,球菌又分细球菌、双球菌、链球菌、四球菌、八球菌和葡萄球菌、②杆菌（Bacillus），杆形，长1～4μm，宽1/2～1μm，有者生有鞭毛；③螺旋菌（Spirillum）,细胞长形而弯曲，略弯曲者称为弧菌（vibrio），弯曲成几个波纹者，称为螺旋菌和螺旋体（Spirochaeta），螺旋菌也有着生鞭毛者。

　　（2）粘菌门: 粘菌的营养体是裸露的原生质体，称为变形体。变形体通常是不规则的网状，直径大者可达数厘米，灰色、黄色、红色或其它颜色，无叶绿素，内含多数细胞核。由于原生质的流动，因而能蠕行在附着物上，并能吞食固体食物。变形体也有感光作用，平时移向避光的一面，繁殖时移向光亮的地方。粘菌营养体的结构，行动和摄食方式与原生动物相似，其繁殖方式又与植物相同，故粘菌兼有动物和植物的特性。除少数寄生在种子植物上外其余都是腐生。

　　（3）真菌门: 多数种类营养体的构造为分枝或不分枝的丝状体，每一条丝称为菌丝（Hypha），组成一个植物体所有的菌丝称为菌丝体（Mycelium）。高级的种类菌丝体在有性繁殖时形成各种子实体，如常见的银耳、菌灵芝、蘑菇等都是子实体。真菌的细胞壁大多由几丁质构成，细胞内常有多个细胞核。不含叶绿素。寄生或腐生或兼营寄生和腐生生活。贮藏物质以肝糖为主，也常含有油脂，但不含淀粉。药用植物较多。