子囊菌亚门是真菌中种类最多的一个亚门，全世界有2720属，28650种，除少数低等子囊菌为单细胞外，绝大多数有发达的菌丝，菌丝具有横隔，并且紧密结合成一定的形状。

子囊菌的无性生殖特别发达，有裂殖、芽殖、或形成各种孢子，如分生孢子、节孢子、厚垣孢子(厚壁孢子)等。有性生殖产生子囊(ascus)，内生子囊孢子(ascospore)，这是子囊菌亚门的最主要特征，除少数原始种类，子囊裸露不形成子实体外，如酵母菌。绝大多数子囊菌都产生子实体，子囊包于子实体内。子囊菌的子实体又称子囊果(ascocarp)。子囊果的形态是子囊菌分类的重要依据，常见以下三种类型：

子囊盘(apothecium)子囊果盘状、杯状或碗状，子囊盘中的许多子囊和隔丝(不育菌丝)垂直排列在一起，形成子实层(hymenium)。子实层完全暴露在外面，如盘菌类。

闭囊壳(cleistothecium)子囊果完全闭合成球形，无开口，待其破裂后子囊孢子才能散出。

子囊壳(peritheciMm)子囊果呈瓶状或囊状，先端开口，这一类子囊果多埋生于子座内，如麦角、冬虫夏草菌。