德国著名植物学家恩格勒（A.Engler）和柏兰特（R.Prantl）于1897年在《植物自然分科志》一书中发表的，是分类学史上第一个比较完整的自然分类系统。将植物分成13门，前12门为孢子植物，第13门为种子植物门（又称有管有胚植物、显花植物），下分裸子植物和被子植物亚门，其纲要如下：

　　种子植物门

　　裸子植物亚门：科得狄纲、本内苏铁纲、苏铁纲、银杏纲、松柏纲、买麻藤纲等6纲。

　　被子植物亚门：2纲，55目，304科。

　　单子叶植物纲：包括11目，45科。

　　双子叶植物纲：2亚纲，44目，259科。

　　原始花被亚纲（离瓣花亚纲）：33目，202科。

　　后生花被亚纲（合瓣花亚纲）：11目，57科。

　　恩氏系统是根据假花说的原理，认为无瓣花、单性化、风媒传粉、木本等性状是原始的特征；认为有花瓣、两性花、虫媒传粉是进化的特征。为此把柔荑花序类植物（胡桃科、壳斗科、木麻黄科…）当作被子植物中最原始类型，而把木兰科、毛茛科等看作是较进化的类型。1964年，在《植物分科志要》第12版中，对原系统作了一些修订，将单子叶植物纲移到双子叶植物纲的后面，把植物界分为17门，被子植物独立成为被子植物门，目科作了调整，分为2纲，62目，344科。这个系统在世界各国影响极大。在我国，多数植物研究机关和大学生物系标本馆和出版的分类学著作，被子植物各科多按恩氏系统第11版排列，如中国植物志、秦岭植物志、内蒙古植物志、河北植物志、北京植物志等。